当たり判定
ボスや中ボスが出す、吸い込める星の当たり判定が無くなっている。また、星を出す頻度も上がった？

カプセルJ2
ジェット能力を持つ敵キャラ(ヘルパー)カプセルJがデザイン一新、カプセルJ2になっている。大人の事情だとか。

ゲーム進行率
新モード追加に伴い、SDXとはゲーム進行率が若干異なる。
※例えば、SDXでは「格闘王への道」までを完全攻略する事で100%まで持っていけたが、USDXでは92%で止まる。

コピー能力の弱体化
一部のコピー能力が若干弱体化している。「カッター」「プラズマ」等？

サウンドテスト
サウンドテスト　の出現タイミングが、SDXとUSDXでは異なる。
SDX　…　「格闘王への道」クリアで出現。
USDX　…　「銀河にねがいを」クリアで出現。

サブゲーム
サブゲーム「タッチ！ 刹那のカルタ取り」「爆裂コンベアタッチ！」「タッチ！ 早撃ちカービィ」は、
DS用に作られた完全新作。SDXのサブゲーム2つも、条件を満たす事でUSDXでも遊べる様になっている。

下画面
DS下画面で、見易さが格段に上がっている。
例：各種マップ、「洞窟大作戦」おたから、「銀河にねがいを」コピーのもとデラックス、「格闘王への道」タイム等

ストーンのバリエーション
コピー能力ストーンで変身出来るストーンのバリエーションが大幅に増えている。出現確率も修正？

3Dムービー
USDXでは新たに3Dムービーが追加、いたる場面で流されストーリーを盛り上げる。
また、一度流れたムービーはシアタールームにて何度も繰り返し流す事が出来る。

洞窟大作戦のおたから
「洞窟大作戦」で手に入る一部のおたからが変更されている。種類は計6種。表記は計3種。合計9種。
SDX　　　　　→　　　　　USDX
【種】13.はるのおもいで(250000G)　→　13.しきのおもいで(250000G)
【表】20.さかなのかせき(8250G)　→　20.さかなのカセキ(8250G)
【表】21.けもののかせき(24220G)　→　21.けもののカセキ(24220G)
【種】22.リーのヌンチャク(55480G)　→　22.マシンのパーツ(121300G)
【種】24.なつのおもいで(250000G)　→　24.まほうのえふで(222000G)
【種】28.ふはつだん(30G)　→　28.けいたいつうしんき(40210G)
【種】35.あきのおもいで(250000G)　→　35.みつぼしのつえ(222000G)
【表】36.かけたちゃわん(50G)　→　36.かけたおちゃわん(50G)
【種】46.ふゆのおもいで(250000G)　→　46.きんのジョウロ(200000G)

難易度調整
USDXではSDXよりも難易度が若干落ちている場面が、序盤にはある。
特に「はるかぜとともに」はチュートリアル的位置付けとなっている。

バトルウィンドウズ
敵キャラクターのグラフィックが変化する。また、新キャラ「グランドドラゴン」が追加。

ボタン配置
SDXとは異なり、GBシリーズと同等の配置に変更されている。
SDX　…　Ａ：ヘルパー　Ｂ：ジャンプ　Ｘ：−　Ｙ：吸い込み/コピー
USDX　…　Ａ：ジャンプ　Ｂ：吸い込み/コピー　Ｘ：ヘルパー　Ｙ：ジャンプ

モードの出現条件
はじめから選択出来るモードの数が、SDXとUSDXでは異なる。
SDX　…　「はるかぜとともに」「白き翼ダイナブレイド」「激突！グルメレース」「洞窟大作戦」＋サブゲーム
USDX　…　「はるかぜとともに」＋サブゲーム

モードの追加
USDXで新たに追加されたモードが計4つ(サブゲーム除く)。条件を満たすと遊べる様になる。

その他色々
極端な変更点は見られないが、グラフィック・サウンド・説明文等、細かい変更はちょこちょこされている。
ワムバムロックのグラ、ダイナブレイド・ワムバムロック戦のBGM、ヘビーロブスター戦のBGM、等…。

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