新要素

新キャラ
音の五人衆やカブト、鬼鮫といった待望の新キャラが登場。

新ステージ
「草原」や「木ノ葉病院屋上」「大蛇丸のアジト」などの新ステージが登場。

新生スリーマンセル
三人一組で戦うスリーマンセルモードが一新。対戦中にキャラを瞬時にチェンジできる。

技
前作キャラのほとんど（というか全て）に技や奥義に変更無し。一部のキャラの一部の技だけ変更されている。
即死コンボとも名高いネジの↓Ｘ「八卦掌回天・絶」の範囲、吹っ飛び方が弱体化していたりと、修正点もある。

ダッシュ回避
ダッシュ中に回避（ＲorＬボタン）を押すことにより、今までにできなかったダッシュ中の軸移動が可能。

変わり身の術
「相手の背後などに回りこんで反撃」が「相手の背後に回りこむ」だけとなっている。

奥義
今まで体力が一定量でないと発動しなかったものも、体力に関係なく発動できる。例、ナルトの螺旋丸、九尾化。

任務
前作はプレイ内容に応じてお金をもらい、更に条件を満たすことで店に並ぶステージやキャラを買うことで増やしたが、
今作はランダムで発生する任務をクリアしていき、そのクリア個数や、対戦回数応じてステージやキャラが増えていく。
つまり「増やしていく」から「増えていく」に型が変わったということ。