シンオウ地方で目覚める、新たなポケモン達。
豊かな自然と、中央に聳え立つ山脈が印象的なシンオウ地方が冒険の舞台。「フタバタウン」よりスタート。

登場人物
ナナカマド博士　：　ポケモンの研究で有名な博士。特に「進化」について詳しく研究している。
ギンガ団　：　冒険の先々で立ちはだかる謎の組織。目的は果たして…？

時をつかさどるポケモン、ディアルガ
時間を操ることの出来る、ダイヤモンドバージョンのシンボルポケモン。シンオウ地方に伝わる神話に登場。

空間をつかさどるポケモン、パルキア
空間を歪めるほどの力を持つ、パールバージョンのシンボルポケモン。シンオウ地方に伝わる神話に登場。

新ポケモン
おおぐいポケモン、ゴンベ　：　進化してカビゴンになる。ノーマルタイプ、あついしぼうorものひろい。
かぎづめポケモン、マニューラ　：　ニューラが進化した姿。あく・こおりタイプ、プレッシャー。
はどうポケモン、ルカリオ　：　かくとう・はがねタイプ、せいしんりょくorふくつのこころ。
うみイタチポケモン、ブイゼル　：　みずタイプ、すいすい。
でんきりすポケモン、パチリス　：　でんきタイプ、にげあしorものひろい。
ばけさそりポケモン、ドラピオン　：　どく・あくタイプ、カブトアーマーorスナイパー。
さくらポケモン、チェリム　：　公式サイトのゲーム画面で確認。くさタイプ。
ペラップ　：　？？？
わかばポケモン、ナエトル　：　くさタイプ、しんりょく。
こざるポケモン、ヒコザル　：　ほのおタイプ、もうか。
ペンギンポケモン、ポッチャマ　：　みずタイプ、げきりゅう。
ブーケポケモン、ロズレイド　：　ロゼリアが特定条件を満たして進化。くさ・どくタイプ、しぜんかいふくorどくのトゲ。
らいでんポケモン、エレキブル　：　エレブーが特定条件を満たして進化。でんきタイプ、でんきエンジン。
マイムポケモン、マネネ　：　進化してバリヤードになる。エスパータイプ、ぼうおんorフィルター。
ぼんさいポケモン、ウソハチ　：　進化してウソッキーになる。いわタイプ、がんじょうorいしあたま。
カイトポケモン、タマンタ　：　進化してマンタインになる。みず・ひこうタイプ、すいすいorちょすい
かいゆうポケモン、マナフィ　：　通常のプレイでは入手できない珍しいポケモン。
むくどりポケモン、ムックル　：　ノーマル・ひこうタイプ、するどいめ。
うさぎポケモン、ミミロル　：　ノーマルタイプ、にげあしorぶきよう。
ねこかぶりポケモン、ニャルマー　：　ノーマルタイプ、じゅうなんorマイペース。
ままごとポケモン、ピンプク　：　ノーマルタイプ、しぜんかいふくorてんのめぐみ。
せんこうポケモン、コリンク　：　でんきタイプ、とうそうしんorいかく。
こおろぎポケモン、コロボーシ　：　むしタイプ、だっぴ。
むしとりポケモン、マスキッパ　：　くさタイプ、ふゆう。
つぼみポケモン、スボミー　：　進化してロゼリアになる。くさ・どくタイプ、しぜんかいふくorどくのトゲ。
まるねずみポケモン、ビッパ　：　ノーマルタイプ、たんじゅんorてんねん。
ずつきポケモン、ズガイドス　：　ダイヤモンドで化石から復活させられる。いわタイプ、かたやぶり。
シールドポケモン、タテトプス　：　パールで化石から復活させられる。いわ・はがねタイプ、がんじょう。

新わざ
ギガインパクト　：　でんきタイプ。威力が高いが、次のターンは動けない。
まねっこ　：　直前に相手が出した技を真似し、同じ技を出す。
わるだくみ　：　自分の「とくこう」をグーンと上げる。
おまじない　：　相手の攻撃が急所に当たらなくなる。
どくびし　：　毒のついたまきびしをまく。交代したポケモンに「どく」を負わせる。
フェイント　：　フェイントを仕掛け、「まもる」や「みきり」をしているポケモンに攻撃を当てる。
おしゃべり　：　時々相手を「こんらん」させる。DSのマイクを使ってプレーヤーの言葉を覚えさせる。

新とくせい
ふくつのこころ　：　？？？
スナイパー　：　技が急所に当たった時の威力増。
でんきエンジン　：　でんきタイプの技を受けると、ダメージは受けずにすばやさが上がる。
フィルター　：　「こうかはばつぐん」の技を受けたとき、威力を半減する。

わざの分類
従来までは、わざのタイプによって「ぶつり」か「とくしゅ」かに分かれていたが、
今作からは、わざによって「ぶつり」か「とくしゅ」かに分類されている。

例えば「かみなりパンチ」。
従来　：　「でんき」タイプの技なので、「とくしゅ」タイプ。「とくこう」が高いほど威力増。
今作　：　「ぶつり」に分類されている技なので、「ぶつり」タイプ。「こうげき」が高いほど威力増。

わざの詳細で「ぶつり」か「とくしゅ」かをチェックすることが出来る。

バトル
十字ボタンとＡ・Ｂボタンで操作するほか、バトルの操作はタッチスクリーンで行うことも可能。

時間帯が変化
ゲーム中では、「朝、昼、夕方、夜、深夜」と時間帯が変化する。
時間帯が変化することで、遭遇できるポケモンの種類が変化したり、進化に影響したりする。

ポケモンウォッチ（ポケッチ）
略称はポケッチ。初期は「デジタル時計機能」「計算機能」があるだけだが、
「アプリ」を入手することで新しい機能が追加されていく。「アプリ」の種類は２０種以上。

通信機能
ワイヤレス通信はもちろん、ニンテンドーWi-Fiコネクションにも対応。
「ともだちコード」を登録していると、お互いの家に居ながらも通信が可能に。 「ボイスチャット」を使えば、さらに会話も出来る。

「ともだちコード」
お互いのプレイヤーを見つけるためのパスワード。
「ともだちコード」を交換することで、他プレイヤーからの急な対戦や交換を避けることが可能。

最初の３匹
最初にもらえるポケモンは「ナエトル」「ヒコザル」「ポッチャマ」の３匹。
従来のゲームバランス通り、くさ、ほのお、みずの３タイプから選ぶ形の模様。

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